太后不是一个一般的女人，不然不会这么强势地不让自己的丈夫明孝宗朱祐樘娶小老婆。这样的女人不但对自己的丈夫严厉，而且对唯一的儿子也是很关注。毕竟这个太后只有一个女儿和一个亲生儿子，这个武宗皇帝朱厚照是她唯一的儿子。她在失去了丈夫之后，只有这么一个儿子了。她不得不为自己和儿子考虑将来，不能不提放内阁官员一点。虽然她也觉得内阁官员帮助儿子处理政务，让儿子多一点时间享受是对的，但是不能不顾及大家的担忧和意见。
武宗皇帝朱厚照虽然荒唐，但是他绝对是一个孝顺的孩子，也是一个从善如流的好皇帝。他听了母亲的建议后，也觉得不能不给内阁官员一些约束。所以他想了一个晚上，约定了一些约束内阁官员的条款，并要司礼监写成文字后告诉内阁和所有官员。
第一，内阁官员直接读皇帝负责，由皇帝亲自任免。但是要接受文武百官和皇室的监督，不能做出超越自己职权的事情。一旦发现内阁官员贪赃枉法或者危害朝廷的话，众大臣可以联合皇室一起将内阁官员停职，交由皇帝处置。
第二，内阁官员可以兼任其他官职，但是只能兼任一个。内阁作为一个组织，和六部衙门级别一样，相互之间没有从属关系。六部主官不能直接管理内阁官员，内阁官员也不能插手六部内部管理。遇上需要协调的事情的时候，内阁官员和各相关部门商量着解决。
第三，内阁官员有处理日常事务的权利，特别是一些地方上上报的事务，内阁官员有第一处置权。当然了涉及到六部衙门的事情，需要和六部主官一起解决。内阁官员有最后拍板权，解决不了或者意见不统一的，交由皇帝决定。
第四，吏部对下层官员有推荐权，但是没有决定权。内阁官员有权直接任命地方七品以下的职务，在京基层的官员任免也由内阁官员主持。地方七品以上五品以下，在京六品以下的官员，内阁有建议权和监督权。但是需要通过皇帝同意，或者召开过“廷议”，才能决定是否录用。对于地方高级官员和京城六部主要的主官，内阁官员有推荐权，必须要皇帝亲自任命。
第五，内阁官员有权利代替皇帝批阅奏折。这需要皇帝的正式受命，或是在皇帝年幼或者皇帝生病的时候才可以。为了区分皇帝的决定和内阁官员的意思，正德皇帝朱厚照采用了一套别开生面的办事方式。这种办事方式影响了大明，也影响了后来的局势。凡是由皇帝下的命令，或是司礼监代皇帝下达的圣旨，都需要用朱砂红笔批示。凡是内阁官员代表皇帝批阅的奏章，必须用蓝色的墨水。后来官方对这种方式有了正式的说法，皇帝或者司礼监下达的命令叫“朱批”，内阁批阅的骄傲“蓝批”。
第六，内阁官员实行轮班制，内部轮流值班。凡是他们批阅的奏章，不但要备份，而且需要留档。原件留在文莱阁，方便查阅和复查，经过誊抄的发往原地。责任到人，谁下大了错误的决定，谁就要负责到底。
第七，一些大事内阁官员不能擅自做主。涉及到皇帝个人的问题，必须请示皇帝本人或者太后、皇后。涉及到皇室或者藩王的，必须上报宗室。涉及到官员腐败的问题，要会同都察院调查。六部相关的重要问题，内阁官员厦大决定前，必须得到相关部门的最高主管签字才可以。军国大事需要召开“廷议”决定结果，上报皇帝最后拍板。
第八，“廷议”是官员之间最高会议。一般由内阁官员召集，六部主要的主管参与，意见相左的时候，大家表决决定。一般来说“廷议”由内阁官员和六部、都察院等等高级官员组成。内阁官员四名正式阁员一人两票，其他的阁员一人一票，六部尚书、侍郎一人一票，都察院、驻守京城的后军都督府大都督、司礼监掌印太监等人一人一票。凡是票数过半的决定，就代表“廷议”通过了。上报皇帝时，需要写明事情原由和得票多少，最后由皇帝决定结果。
第九，内阁官员不能直接掌握军队，不能离开京城，不能出任领兵打仗的直接指挥职务。在轮休或者养病期间，不能行使权利。内阁官员不能私下对任何人说出不该说的秘密，也不能豢养私兵。
第十，内阁官员以及他们的直系家属不能和皇室结亲。不能和地方三品以上官员有姻亲关系。内阁官员不能私下结交藩王。不能和边关守将有直接接触。
虽然这些制约了内阁官员，但是内阁官员一点也不在乎。相比之下他们的权力和地位有了飞速的提高。以前内阁不过是帝王家的狗，是帝王身边的奴才，现在他们已经有了自己的地位和势力范围。在早期的时候，内阁不如六部衙门的中下层官员，福利和待遇还不如一个地方知府。就算到了明中宗皇帝时期，内阁也不如中等衙门，过年过节的时候不但没有人光顾，而且需要举债过年。几乎每一个内阁官员都曾经过过逢年过节挨饿的日子。如今内阁官员的地位已经超过了六部侍郎，内阁衙门也和六部衙门平起平坐。要是皇帝授权的话，内阁将要超越六部衙门，成为大明第一职能衙门，内阁官员也将成为和六部尚书平起平坐的人物。虽然就算成为了大明第一职能衙门后，内阁也不能实际控制六部衙门，也不能越过司礼监控制皇帝。但是那时候的内阁已经不再是什么人的附属品，也不是任何人能够小视的机构。六部衙门虽然控制着整个大明主要机构的命脉，但是由于各自有着重点，不能做到一个部门控制全局的地步。只有内阁这种衙门，才能真正做到调剂天下的作用。虽然司礼监将会是内阁最大的政治阻碍，但是司礼监是由太监组成的。一般的官员和读书人都看不起太监，就算看得起也没有机会经常接触他们。凡是和太监走得太近的人，都不会有什么好结果。所以一旦内阁压制住六部衙门的主官们的话，内阁官员就会是文武官员的精神领袖，可以真正的实现相权的重生。
自从内阁代正德皇帝朱厚照正式处理政务之后，内阁一面压制各个部门，一面比较重视地处理军国大事。做到了十年无重大事故，让皇室和皇帝看清楚了内阁的本事和重要性。为此六部和地方官员们默认了内阁的领导，从此内阁正式成为了大明最高职能机构。四名内阁正式成员正式被人称为首辅、次辅、三辅和四辅。不过当时内阁四位正式阁员施行轮流制，相互之间不但关系不错而且权力职位相等。
杨廷和是正德皇帝朱厚照时期最后一个内阁首辅，他不但终于正德皇帝朱厚照，而且是一个强势的内阁首辅。也是从那时候起，内阁首辅确立了内阁最高地位，成为不是丞相的丞相。在杨廷和的主持下，内阁第一次惊醒了内部分工。杨廷和全面主持内阁日常事务，其他的三位正式成员分管礼部、兵部和户部，他亲自兼任吏部尚书。他们四个阁员，还有六名临时阁员几乎覆盖了整个京城主要衙门的重要职务。那时候有人笑话说，杨首辅可以不出内阁值班房，就可以下达对六部重要衙门的指示，可见杨廷和有多么的强势。
不过正德皇帝朱厚照死后，这个内阁控制大明的局势改变了。正德皇帝朱厚照是一个甩手掌柜，对于一切政务都不予理睬，任由杨廷和处理。新任皇帝嘉靖皇帝朱厚熜虽然年轻不懂政务，但是不会任由杨廷和一个人发号司令。嘉靖皇帝朱厚熜要大家知道他才是皇帝，他才是下达命令的人，所以时时处处对杨廷和的决定挑三拣四。虽然事后看起来杨廷和都是对的，嘉靖皇帝朱厚熜是在没事找事，但是经历的人都觉得杨廷和越权了。嘉靖皇帝朱厚熜更是对这个杨廷和恨之入骨，杨廷和不是不知道小皇帝的内心，只不过他觉得嘉靖皇帝朱厚熜不会把他怎么样。杨廷和还是小看了嘉靖皇帝朱厚熜的心狠手辣，也小看了嘉靖皇帝朱厚熜的手段。最后杨廷和不但输给了嘉靖皇帝朱厚熜，而且弄得家破人亡。杨廷和是第一个没有好结果的内阁首辅，之后的几个内阁首辅都没有什么好结果。直到严嵩担任内阁官员后，才让大家看到了内阁的希望。严嵩不但在嘉靖皇帝朱厚熜那里如鱼得水，而且在内阁混的风生水起。他一个人当了四十年的内阁官员，近二十五年的内阁首辅，这是一个奇迹，也是一个传说。
严嵩不但成为了大明历史上做内阁首辅最长的一个，也是在职时间最长的官员。当嘉靖皇帝朱厚熜晚期，老年内阁成为了一个必然现象。当时内阁首辅严嵩已经八十多岁了，次辅徐阶也七十多岁了，加上六十岁的嘉靖皇帝朱厚熜等等，创造了实际掌控者平均年龄最高纪录。也由于这样，一大批能人受到压制，后来出现了难得一见的群雄群起的局面。徐阶、高拱、张居正、谭论、张四维等等能人，几乎集体爆发，让后来的皇帝选也选不过来。