就在张居正咽气的时候，冯保不但不能去看望张居正，更是连他自己的自由也没有了。小皇帝下令把冯保在宫里看管起来不让冯保离开皇宫。同时开始清理和盘算冯保的私产，这是要给冯保按上张居正同党的罪名啊，不过这一点大家都没有感觉到意外。因为大家都知道张居正和冯保关系不一般，两个人好得像亲兄弟一样，想彻底扳倒张居正，就必须连冯保一起扳倒。冯保也有这种准备，惟一的希望就是李太后能开口求情，让小皇帝饶了冯保一条小命。
张居正当了这么多年的内阁首辅，在京城和地方势力不小，当然要防止有人利用张居正的事情做文章了。小皇帝一边利用锦衣卫和东厂控制城内的局面，一边命令自己的亲信接管京城的防务。特别是和张居正关系不错的官员和将领，都必须第一时间隔离或者控制起来。然后派人秘密去各地消除张居正的势力，也同时开始对张居正家乡进行清理和控制。
不知道是官场的固有规律还是大家觉得张居正大势已去纷纷投靠小皇帝了，在张居正去世的同时官场的老手们就开始对张居正的批判。就在小皇帝下令包围张居正家的同时，已经有上百份的举报和密报送进了皇宫。就连小皇帝也不得不承认这些官场老手的无耻和手快。这些人几乎都是上了五六十岁的官场老人，品级也都不低，谁也没想到会这么不要脸。张居正活着的时候他们对张居正溜须拍马低三下四，张居正一死马上成为了对付张居正的急先锋，手里有数不尽的黑材料。虽然小皇帝痛恨这些人的无耻，但是小皇帝现在就需要这些人为他对付张居正以及张居正的党羽。小皇帝任由这些人以最快速度收集甚至于编造张居正罪名，然后才可以名正言顺地对付张居正和张居正的党羽。小皇帝要让张居正死了也不安心，就算进了棺材也要鞭尸。张居正这个一代名臣、三朝元老、一代帝师就这么一个下场，刚死家里就被抄家了，死了没有进棺材就要被人评头论足说三道四，没有后人为他办丧事，更加不会有一块属于他的三尺黄土。这就是他长期把持朝政，这就是他和小皇帝对着干，这就是他不听从秦泰等人的忠告的后果。
张居正死后第三天，锦衣卫和东厂查抄了张居正家里所有的财产，小皇帝觉得不满意。锦衣卫又把查抄的其他几个张居正党羽的财产也算在了张居正家里，小皇帝这才觉得还算可以。查抄冯保财产大有收获，毕竟冯保是一个太监出身，贪钱是每一个太监的爱好。冯保一个人的财产就是张居正的五十倍，就算锦衣卫把其他张居正党羽的家产都算在了张居正头上，这个数字也只有冯保的财产的十分之一。小皇帝当然不会放过这个机会，一边训斥冯保贪得无厌，一边暗示冯保张居正将一部分财产交给冯保管理。冯保明知道这么做对不起张居正，也知道小皇帝这是在故意陷害张居正，但是这时候的冯保为了活命只好按照小皇帝的意思说。不久之后皇宫传出惊人张居正将贪污所得一百万两黄金藏在司礼监掌印太监冯保那里，目的就是为了拉拢冯保的同时，让冯保利用司礼监掌印太监的职务便利牟取暴利。张居正之所以出名，第一是因为他能干，第二是因为他刚正不阿，第三就是因为他不直接收受贿赂。张居正早在为官初期就说过他家产殷实不需要为蝇头小利做出龌龊的事情。所以系带帝王都相信和重用这个能臣张居正，张居正才会渐渐成为百官之首内阁首辅的。如今会认爆料说出张居正有一笔不明来历的钱藏在冯保那里，几乎素有的人都相信这笔钱不但是贪污的更有可能是国家的。不然张居正不用这么隐秘，更加不需要交给一个太监保管。要是这个钱来历正当，大可以在张居正家乡置办田地或者交给儿孙管理就可以了。进过这个消息后，原来对于小皇帝这么处理张居正有所不满的老百姓和下层官员马上变了态度，都觉得小皇帝做的没有错。
虽然小皇帝在上面指手画脚，下面又有老百姓支持和赞同，处理起来依然压力不小。张居正做了十年的内阁首辅，近三十年的京官，门生故吏党羽实在太多了。要是仔细调查的话，在京六成以上的官员，在各地近四成的地方五品以上官员，都曾经以张居正的门生或者徒子徒孙拜见过张居正这个内阁首辅。就算是小皇帝也曾经是张居正的得意弟子，也曾经乖乖接受过张居正的教训。张居正倒台后这些人急着和张居正撇清关系，一边开始整理张居正的黑材料，目的就是担心自己受到张居正的牵连。这其实也难怪他们，当官不容易，当京官更加不容易，不找靠山难以维持，找错了靠山更加会性命不保。
小皇帝把张居正的党羽分为四等，第一等是张居正的死忠，真正的张居正的党羽，他们对张居正绝对的忠心。第二等依附在张居正身边的官员。这些官员不算是张居正的亲信，但是为了相互的利益依附在张居正周围。只要不损害自己的利益，他们会尽量配合张居正的。第三等所谓的张居正的徒子徒孙们，这些人其实和张居正没有关系，只不过找一个由头希望接近张居正这个大人物而已。第四等就是墙头草，这些人不管谁当老大，只要讨好上司，顺从上级就可以了。这些人不但多而且几乎覆盖了所有的部门和所有的级别，数量相当可观。
小皇帝也知道扳倒张居正不能把所有的京官都拿下了，他也需要下面的官员帮着他维持日常事务。他在下令对付张居正的同时，也第一时间任命原内阁次辅张四维接任内阁首辅，全权主持内阁日常事务。小皇帝也把整理和收集张居正罪行的任务交给了张四维。小皇帝深知张四维和张居正之间的关系，张四维在强势的张居正手下当二把手这么多年，张四维心里早就怨恨张居正了。把张居正的案子交给张四维处理，张四维不但不会包庇张居正，而且会把张居正的人清除干净。第一是为了报复张居正这些年来对张四维的挤兑，第二也是为了张四维自己，张四维做了内阁首辅需要尽快布置自己人掌控局面。把张居正的人拿下空出来的职位机会有可能让张四维的人顶上，这样一来张四维就可以坐稳内阁首辅的位子了。