就在马吉翔和白文选还在为北上或是西撤争论不休的时候，靳统武却提出了另外的建议：“蕞尔建昌，如何能够供给十万军民？皇上，臣以为北上、西撤皆不可取，倒不妨前往湖南之峒，乌车里、里角诸部不相统摄，朝廷兵至，必无所拒。而后圣驾安跸峒内，诸将设御峒口与清兵周旋，若胜则伺机恢复云贵，若是不胜则借道交趾，招针罗诸船，航海至厦门，与延平王合师进讨。”
永历帝耐心地听诸臣把话说完，这回却是难得的果断了一回，当场宣布道：“移跸入川之事，朕意已决，诸卿毋须再议，速速各自准备去吧！”
当夜，马吉翔与其弟马雄飞、女婿杨在聚在一起，秘密商议移跸事。马吉祥首先说道：“陛下为蜀人所惑，坚持移跸蜀中，一旦去往巴蜀，则文安之必来迎驾。此人不比扶、雷，若是入阁，朝廷哪里还有吾等立足之地？吾若失势，衣钵又安能传及贤婿乎？且入蜀之后，程源等必据要津，届时吾等内无金少宰之助，外无晋王之援，倘再有安龙之事，必死无葬身之地也！”
马吉翔说到伤心之处，不住抬手抹泪，马雄飞认为哥哥说得在理，念及此事关系到全家前途性命，他当即拍案而起道：“事已至此，不如连夜面见金少宰，只说其坟墓亲属皆在滇中，安可去蜀？然后请金少宰出面劝说，若晋王犹豫，则说蜀中勋镇林立，今殿下新败之余，若是远赴袁宗第、郝永忠诸勋之穴，能保诸勋听节制乎？他日恢复荆襄，能保陛下不再封郝永忠等数亲王，与殿下并立乎？则晋王必允矣！”
马吉翔听得是连连点头，立刻起身赶往金维新府邸，在其面前极力劝说道：“晋王为蜀人所惑，我欲请先生向晋王建言，移跸滇西，理由有三。我等若是北上，必过建昌，先生与建昌总兵王偏头有隙，其必怀恨在心，于公不利，此为其一；我军若是入蜀，文督阁必有迎立之功，晋王届时如何还能威加海内？若出夔东，取荆襄，则袁宗第、郝永忠诸勋必以大兵挟制朝廷，晋王亦不能号令，此为其二；云南乃先生故里，若是离开，必当抛家弃业，此其三也！”
这一番话瞬间击中了金维新的软肋，他原本就不甘心离开云南，又经马吉翔这一提醒，想起自己曾与建昌总兵王有德因争夺一位美人闹过纠纷，若是贸然前往建昌，在别人的地盘上，难免会遭其报复。想到这里，金维新当即点头同意了马吉翔的请求，答应会在合适的时机劝说定国回心转意。
次日清晨，前方警报接踵而至，临沅、广南、河西皆被清兵攻陷，沾益、马龙亦遭清军屠戮，清军前锋更是直逼宜良、嵩明、通海、昆阳一带，各地逃难的百姓携老扶幼，群集于滇都街头，哭声震天。
永历帝在惊惧之下，急忙下令文武百官立刻收拾行装，随自己逃离滇都。临行之前，定国在街上贴出布告，城内外难民、百姓纷纷围上前来观看。
但见布告上写着：“本藩在滇多年，与尔人民，情均父子，今国事颠危，朝廷移跸，势难同尔等偕行。恐清兵一至，杀掠淫污，猝难逃避，尔等宜乘本藩未行之时，各速远遁，毋致自误！”
看完布告，大伙方才知道永历帝打算弃城而走，一时间全城军民无不惊恐万分，四散奔逃。
此时，今年的秋粮已征收入库，一时间根本来不及带走，定国在与白文选商议后，一致认为贵州地瘠民贫，清军沿途筹粮极其困难，只要没有充足的粮食，清军将很难在云贵立足。故当务之急就是要立刻焚毁这批粮食，以免资敌。如此一来，清军便会因为缺食减缓攻势，从而给明军争取更多的时间部署防御。
可永历帝却以“恐清师至此无粮，徒苦我百姓”为由，专程派人送来谕旨，严令定国不许烧毁粮食。永历帝哪里知道，今日的妇人之仁，竟供应了入滇清军整整半年以上的食用，更是彻底断送了大明朝近三百年的基业。
就在滇都城内乱成一锅粥的时候，冯双礼却突然找到了定国，向其请命道：“请晋王殿下速速辅佐陛下撤离滇都，图谋再举，此事艰难万险，望晋王莫要推脱！某愿在此死守，拖延清军，与滇都共存亡！”
定国沉默了许久，最终还是答应了冯双礼的请求。
临近午时，永历帝登上御辇，在文武百官的簇拥下匆匆撤离了滇都。
尽管定国早在布告上提醒百姓自行逃难，不要伴驾同行。但在离城之时，仍有成千上万的逃难百姓携老扶幼，一路追随。这样一支庞大的队伍转移，行动速度难免迟缓，但在此时此刻，无论是永历帝还是定国都不忍心驱散这些流离失所的难民，也只能是听之任之。
这支人数高达几十万，军民混杂的队伍一路走走停停，日行不过三十余里。好不容易走到碧鸡关，不想这里道路狭窄难行，军民人等互相拥挤，更有不少难民因为饥饿与疾病倒在路上，再也没有起来。
望着眼前的惨状，永历帝心头不由一紧，连忙吩咐停辇，然后在黔国公沐天波的搀扶下走出御辇，回头眺望了一眼身后滇都城内巍峨雄伟的宫阙，哽咽言道：“朕尚未走远，军民就已困苦至此！若因朕一人之故而连累万千百姓，倒不如就此返回滇都，一死以谢社稷，以免百姓惨遭如此荼毒！”
见永历帝脸上写满沮丧，沐天波赶忙好言劝慰道：“皇上万万不可再有此想，您代表的不是一个人，而是天下黎庶苍生！只要皇上安然无恙，咱们大明的旗帜就永远不会倒！”
永历帝心中稍定，微微点了点头，旋即命沐天波留在在此地配合定国安抚难民，然后重新登上御辇，继续向赵州撤去。
沐天波认为蜀道艰险遥远，按照目前的行进速度，移跸四川根本难以完成。加之故土难离，待永历帝走远，他当即向定国提议道：“从迤西去往缅甸边境，沿途都能够筹措到粮食，而我军又据玉龙关之险，扼守大理，清军受阻坚城之下，定不能长久！何必舍近求远，去往巴蜀？”
金维新见沐天波起了个头，于是趁机将自己昨夜与马吉翔商议妥当的方案提了出来：“殿下，黔国公所言极是，圣驾驻跸永昌，若事不可为，则幸缅国。若可为，返滇更易也。”
见定国不置可否，金维新又上前一步，附耳低语道：“蜀中勋臣军镇林立，今殿下在新败之余，是否能够保证诸勋臣都听殿下的号令？日后恢复荆襄，皇上封诸勋为王，与殿下同列并坐，殿下当何以自处？”
定国听后心乱如麻，思虑了许久方才点头答应道：“既然如此，那就去往滇西吧！只愿诸公将来不要后悔今日之决定！”
在拿定了主意后，定国遂命总兵王惠领兵三千镇守草铺、总兵潘融领兵三千镇守禄丰、左路将军窦名望领兵五千配合冯双礼留守滇都、右路将军祁三升领兵五千接应白文选、前路将军马思良领兵五千催收钱粮、副将王镇率五百提塘负责打探消息及联络各部人马，而定国则亲率主力殿后，同时收抚难民，又遣行营兵部侍郎龚应祯即刻赶往赵州，奏请永历帝改道前往永昌。
龚应祯见到永历帝，当即开门见山地说道：“皇上，清军大举入滇，我军疲弊不堪，恐难与之周旋。当今之计，惟有退往永昌，晋王当初曾巡视永昌，当地军民素对朝廷拥护有加，可取此民心，再与清军决一死战！”
永历帝犹豫不决道：“若去永昌则再无退路，一旦清军进逼，却该如何是好？”
龚应祯按照临行前金维新的叮嘱，继续劝说道：“皇上毋忧，只须令晋王带兵守住进入永昌的各处险要，阻挡清军入境，而历代黔国公镇守云南近三百年，与周边邻国相处融洽，尤其缅王素敬仰沐氏，如让黔国公入缅借师助剿，则胜负难料矣！”
永历帝向来优柔寡断，在听了龚应祯的一番说辞后，便立即改变了主意，当日即颁下诏书，宣布朝廷改迁永昌，并由晋王节制诸路兵马护驾。
此时，清军已逼近交水，到处风声鹤唳、草木皆兵，听闻清军即将追来，沿途逃难百姓顿时乱作一团，数十万人争先恐后地向着永昌方向奔逃。在难民的带动下，各营将士亦是军心大乱，也欲跟随难民同走。
定国见状，不禁勃然大怒，一面训令各营不得擅自撤离，一面整顿兵马，准备调头迎战清军。可如今明军的士气早已跌落至谷底，根本无法与清军交战。无奈之下，定国只得让白文选率部前往驻守玉龙关，令其务必阻止清军进入永昌境内，然后亲率主力继续西撤。
永历十三年正月初三日，清军多尼、吴三桂、卓布泰三路兵马会师于滇都城下，留守滇都的明军此时还没有得到朝廷西撤的消息，冯双礼见清军势大，当即决定弃城而走，匆匆向建昌方向转移。
与此同时，跟随主力撤出滇都的延安王艾承业亦对朝廷突然改变主意，不再入川颇为不满，他亲率一千精兵埋伏于大寺之中，打算劫持永历帝向北奔赴建昌。
世上没有不透风的墙，提塘在侦得此情后，立刻将消息急报定国。定国大吃一惊，连忙亲率一千精骑负责断后，艾承业见机密已泄，慑于定国的威望，不敢派兵追击，只得带着本部人马脱离了西撤的明军主力，北上与撤出滇都的庆阳王冯双礼、广平伯陈建、武功伯王会诸将会合，然后继续向建昌转移。
其实文秀在孙可望掌权时期麾下并没有多少嫡系部队，数次出征所调之兵皆由孙可望拨给。后来孙可望降清，定国将明军分为“晋兵”、“秦兵”，此举引起了原秦藩旧部的不满，因此这些秦藩旧部大多选择归附文秀，文秀自然也成为了“秦兵”的代表人物。可如今，随着定国扈卫永历帝西撤，蜀藩旧部北入四川，两支明军主力就此分道扬镳。
不久后，以吏部尚书张佐宸、兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑、少詹事汪蛟为代表的一大批明朝官吏听说朝廷临时改变方针，由入川转为西撤，不禁对复兴明室的前途感到渺茫，纷纷选择脱离朝廷，或隐或遁，各自寻找避难之所去了，当永历帝逃抵达永昌时，仍旧追随身边的官员已经所剩无几了。