一四八零年，佛罗伦萨共和国。
奥迪托雷家族的宅邸中正举行着一场秘密会议，在场诸人在当今社会中都拥有着复杂的职业和经历，所处的阶层也各不相同，但他们的信念和愿景无疑是一致的——他们都憧憬着自由与和平，并为自己刺客的身份感到自豪。
“经过我祖先妥善保存并流传下来的古籍——刺客大师阿泰尔·伊本·拉阿哈德的手札已经很清楚地向我们揭示了一个秘密。”在严肃而凝重的气氛中，佛罗伦萨刺客乔凡尼·奥迪托雷开口道，“某个古老而神秘……经历漫长岁月、拥有巨大能量的密室就潜藏在罗马梵蒂冈西斯廷教堂的地底，被命运选中成为先知的人将会手握两把钥匙洞开密室尘封多年的大门，而这钥匙，指的就是先行者留下的两件伊甸碎片——金苹果和权杖。”
自从艾吉奥·奥迪托雷在威尼斯得知了圣殿骑士的阴谋以后，意大利的刺客们就积极展开了行动，他们花费了许多时日和精力才从圣殿骑士寻找伊甸碎片的道路上夺来了金苹果。
这必须感谢洛伦佐·美第奇阁下对刺客组织的帮助，而在艾吉奥致力于解放威尼斯的时候，乔凡尼也让刺客组织在佛罗伦萨得到了复兴，所以他们现在才会拥有与圣殿骑士抗衡的力量。
圣殿骑士一直在密谋以伊甸碎片打开密室，继而取得力量掌控这个世界……或者说在不打开密室的前提下，他们仅以伊甸碎片也可以达到同样的目的，所以刺客们绝不能坐视伊甸碎片落入圣殿骑士手中，因为它们本身就具有奇妙而不可思议的力量。
在数万年以前，有一批先驱者比其他任何生命体都要更早抵达地球，他们被后人称之为先行者。他们创造出的文明，被称作是第一文明。先行者们仿照自己的样貌，创造出了易于繁殖的全新生命以作为廉价的劳动力使用，那就是人类。
先行者们用形态与功能各异的器具控制人类推动文明前进，那些器具即是现在圣殿骑士和刺客都梦寐以求的伊甸碎片，而金苹果正是那枚引诱了刺客始祖亚当和夏娃的禁果，他们通过偷窃得到了反抗先行者奴役的武器，从此掀起了先行者与人类两族的战争。
金苹果作为先行者的高科技产物，能够制造幻象、操纵人心，在人类的许多历史事件中都扮演了重要角色，但将这样一件珍贵的宝物掌握在手中并不能使刺客们完全放心。
因为伊甸权杖还在圣殿骑士手中，或者说，圣殿骑士团的大团长比其他任何人都更接近伊甸权杖。
根据记载，权杖曾被施洗者圣约翰用来为耶稣施洗，随后流传到耶稣的门徒圣彼得手中建立基督教。圣彼得成为了梵蒂冈历史上的第一位教皇，伊甸权杖也随之成为教皇的象征和信物，作为教廷中地位仅次于教皇的红衣枢机主教，罗德里格·波吉亚想要得到教皇权杖显然要比其他人容易得多。
“艾吉奥，你对这件事有什么看法？”乔凡尼在陈述完大概的情况后，出人意料地最先询问起了自己次子的意见，但其他人对此却并无异议。因为艾吉奥在威尼斯的表现足够令人满意，他已用行动证明了自己的确是一位合格的刺客。
“父亲，我仍然不太理解也不太相信伊甸碎片的事，但毫无疑问，我们应该将波吉亚家族列为首要的目标。如果我们能割开这头邪恶公牛的喉咙，那么就再也没有人会觊觎先行者的力量。我们甚至没必要打开西斯廷教堂的密室，力量深埋于地底……总是要比掌握在某人手中安全的。”
艾吉奥·奥迪托雷即将年满二十二岁，仍然是个年轻的刺客，但却已在意气风发的神情和姿态中逐渐流露出了成熟稳重、深思熟虑。
乔凡尼赞许地点了点头，“但西斯廷教堂下隐藏的秘密仍然是至关重要的，没人知道里面藏匿着什么东西。圣殿骑士想要夺回金苹果，而我们也想得到教皇的权杖。在这个关键时刻，如何保管金苹果就成了最重要的问题……艾吉奥，我想将这个重任托付给你，你愿意接受吗？”
艾吉奥有些意外，更令他意外的是其他人似乎都没有异议，“我？父亲，我觉得金苹果锁在奥迪托雷的银行保险柜里才是最安全的。如果让我随身携带它那只会——”
“古籍中说你就是先知，艾吉奥。”乔凡尼望着自己的儿子，吐露出了惊人之语，“我不太清楚这个预示是好是坏，但它无疑说明了你才是最适合金苹果的人，我的儿子。”
“……我是先知？这怎么可能？”艾吉奥在吃了一惊之后并不相信，“这是根据什么决定的？血系吗？但是费德里科比我年长、也比我优秀，为什么他不是先知？”
“或许有一天，现实能告诉我们答案。”乔凡尼沉思着，然后回过神道，“你们在威尼斯将任务完成地很出色，巴巴里格家族已经毫无疑问地得到了教训，也正因为如此，罗马比以往的任何一刻都更需要你们贡献力量。艾吉奥，我需要你们即刻带上金苹果出发去往罗马，解放那座城市、剿灭波吉亚家族的难度更胜过威尼斯十倍，圣殿骑士的大师并不是一个容易对付的人，所以你们必须格外小心行事。”
这个任务很难完成，所以乔凡尼·奥迪托雷现在也只是派自己的孩子们先走一步，随后再安排其他兄弟会成员指引和帮助他们。
现在，佛罗伦萨有美第奇家族和奥迪托雷家族、威尼斯的刺客兄弟会也如日中天，而在为卡特琳娜·斯福尔扎刺杀了她身为圣殿骑士的丈夫以后，刺客组织又赢得了斯福尔扎家族的好感——尊贵的斯福尔扎家族，他们代表着以米兰、弗利为首的无数属地。
如今几乎整座亚平宁半岛都有公正公平的刺客组织渗入其中，如果能再剿灭罗马的圣殿骑士教团，那么——
意大利的刺客就将在这个时代文艺复兴的浪潮中，得到真正的崛起。