朱棣对朱允文当皇储很是不满，想去北平韬光养晦，再博得父皇欢心，要父皇重立皇储。可此时，朱棣却被朱元璋留在应天。所以，他只好等待时机了。也正是此时，胡惟庸展开了他的行动……
这年正月，丞相胡惟庸称其旧宅井里涌出醴泉，水中长出石笋。大臣们纷纷认为这一定是祥瑞之兆，胡惟庸并借此邀请朱元璋前去观赏。此事发生的倒要奇怪，本来，胡惟庸案时，是太监云奇告的密。可现在的云奇却按兵不动。允文听说了以后，他也没有等云奇去告密，起身便去追赶朱元璋的车队。因为，从现代来的他，不能让历史因他的到来而改变，此刻的朱元璋还不能死。
朱元璋欣然前往胡惟庸的家，车队走到西华门时，一少年冲到车前，紧拉住缰绳，急不能言，这少年正是朱允文。朱元璋见他这样，便让车队停下，把朱允文召到身旁。朱允文这才有了休息的时间，朱允文休息了片刻，这才走到朱元璋的身旁。
“允文，怎么脸色怎么这么急？告诉你皇爷爷是不是有什么急事？”朱元璋在朱允文落座之后讲到。
“皇爷爷，我没事，但您却有事了。”朱允文着急地说。
“我会有什么事，我现在正要去胡爱卿家观看祥瑞之兆，”朱元璋微笑着，缓缓说道。
“正是此事，胡胡……胡惟庸要谋反。”朱允文站了起来说道，“他要趁皇爷爷观赏之际刺杀皇爷爷。”
“此事当真？”朱元璋半信半疑地问。
“当真，不信，您可以到城楼上去看看。”
朱元璋跳下车去，召了召前面的御前侍卫，随即赶上了城楼。
朱元璋从城楼往下望，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道都藏有士兵，随即便转喜为怒，说道“派羽林军去丞相胡惟庸的府邸，围剿奸党。”
一会儿，在城楼上可以看到，羽林军将胡惟庸的部下杀的杀，抓的抓，顷刻之间，便将胡惟庸等奸党带到太祖朱元璋面前。
“我待你不薄，让你官拜百官之首，你为什么要谋反。”太祖问。
“昏君，你杀我儿，还说什么待我不薄，我早就该反你，要不是这小牛犊子，你早已被我砍死。”胡惟庸大骂道。小牛犊子当然骂的是朱允文，一旁的朱允文早已暗暗不爽。
“谋反不成，还大放厥词，来人，着锦衣卫彻查此事，朕要好好审问你。”太祖见他辱骂自己的孙儿允文，大怒道。
“臣领旨。”锦衣卫指挥使箫陌说道。
“允文，你怎知这胡惟庸要借此事谋反？”朱元璋见锦衣卫带下胡惟庸等人后不解地问。
“皇爷爷，允文早就听闻胡惟庸的儿子因棒辱宫吏被皇爷爷赐死一事，也知这胡惟庸嚣张跋扈，权倾朝野。今又听闻胡惟庸请皇爷爷观赏家中祥瑞之兆，恐他对皇爷爷不利，所以冒死拦驾”身为朱允文的朱明为了瞒住朱元璋，只好编了一段话说。这也让朱元璋非常赞赏，他说：“我大明有此皇长孙，何恐天下不服。”
时年洪武十三年，丞相胡惟庸谋反，太祖大怒，着锦衣卫查明，以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，白天被捕，晚上就立即被处死。第一批享受牵连的人有中丞涂杰，御史大夫陈宁，两人被捕后也立即处死。随后朱元璋下诏天下臣民，有告发附胡惟庸者，重赏。
允文也不知，到底他的这件事做的对不对，虽保住了朱元璋的性命，却使他大肆屠戮朝臣。于是他上奏，反对皇帝的诏令，但老朱不为所动，继续打压朝臣。
不时的有朝臣因与胡惟庸有关而入狱，文武百官人心浮动。有的竟上朝前，写好遗书，下朝后平安回到家，全家庆贺。
允文无奈，自知被老朱骗了，屡次上奏反对，但老朱耐心已尽，不在理会，毕竟，他是自己唯一的继承人了，爷孙的关系首次近于崩溃。果然，朱元璋跟康熙帝无法相比啊。
这一浪还没有推走，下一浪又强势而来。二月龙抬头，朱元璋当朝宣布，罢中书省，废丞相制度，提升六部接管中书省的权力。
各部主管一方面的事物，每部设尚书一人，左右侍郎各一人，直接秉承皇帝的旨意办事。并明确确定，吏部为六部之首。百官还没反映过来，新上任的六部尚书侍郎立马上前谢恩。
这件事就确定下来，众人还没来得及反映。又一道圣旨下来，在六部中设“六科”作为皇帝的侍从，说白了就是监察六部。
众位尚书，侍郎们刚谢完恩，还没来得及起身。又接到这样的大礼，各位尚书你望着我，我望着你，都苦着脸，谁想自己的地盘有个卧底，在时时刻刻的监视自己。偏偏这个卧底，还不能更换。
轮到新上任的六科给事中，上去谢恩了。待众人起来，文武百官一大部分人，已被皇帝震服。允文回去后，觉得此事反而对大明有利，故而不在顶撞朱元璋了。
就在这时，一个消息传来，彻底打破了老朱和小朱之间的平定。三月有人密告，宋濂次子宋璲及其长孙宋慎，与胡惟庸交往甚密。锦衣卫随即将宋府满门下狱，当天晚上，宋璲及其子宋慎就被处死。宋濂被判处死刑，奏折送上去，朱元璋立即首肯。
允文知宋璲是救不回来了，只得和皇祖母商量救宋濂，宋濂可是能士啊。当天下午，马皇后派人请皇觉寺主持高彬大师前来。高彬是老朱少年投身皇觉寺，唯一一个对他比教好的人。于是在老朱当皇帝后，这种有先见之明的投资终于见效。
皇觉寺作为皇帝曾经待过的寺院，地位自然迎风而上。高彬也混了个主持，逢人人还得叫句大师。
马皇后将事一说，高大师当然点头。作为修佛多年，能够救多条人命，胜造N级浮屠。将来到西天见了如来佛祖，也能好好交代了。
在两人的连翻劝说下，老朱思虑良久，还是改判宋濂流放茂州。
深居寝宫的朱棣听闻这件事后，叹服朱允文的机警和胆识，觉这件事是自己去北平的大好机遇，于是向朱元璋提出此事。朱元璋刚诛杀了几名开国大臣，恐边疆臣民不服，便准许了。
这时，朱棣才带着官属和家眷，前往北平，就任燕王，时年洪武十三年。朱允文得到燕王离京的消息，感叹万千。对于朱棣来说，这是龙出大海，海阔天空任他飞。可惜此时他太小，没法阻止。燕王只是小插曲，落在京城这潭水中，丝毫不起波澜。