就在丘二成功撬开犯事军官秋经武嘴巴的时候，其他几路消息也传了过来。秦泰夫妻根据线索，基本清楚了这件案子的来龙去脉。涉案官员有巡抚衙门师爷钱某、李某和张某，布政使衙门和按察使衙门虽然没有参与，但是也有知情不报和姑息养奸的嫌疑。知府衙门里面知府童某，同知齐某，师爷陆某和卢某直接参与。县衙里面的司库张某和书办齐某是经手人。军营里面的千户所和百户所都参与了倒卖军粮的事情，几乎所有的军官都分到了一份好处。涉案的还有巡抚马某的小儿子，省城粮行的余某等不法商人。
本来私下倒卖军粮只不过是军营内部军官们的私活，地方官员并不参与的。军官们也不敢多干，每一次倒卖一点点军粮而已。可是这一次他们之所以会联手干一票大的，主要原因是因为巡抚小儿子马公子。马公子因为父亲巡抚大人的关系，从小养成了纨绔脾气。不爱读书当官，只喜欢欺男霸女和搜刮老百姓的钱财。马公子看上了的女人很少可以幸免，马公子看中的东西更加是有去无回。马公子得知这里出了一块奇石，就亲自过来看看。没想到这块奇石不但好看而且估计价值连城。马公子当然不会按照市价给钱了，他不但想要白得这块奇石，而且看中了这户人家的女儿。他利用父亲巡抚大人的名头，要师爷钱某去讨要奇石和美女。对方当然不答应了，他们不但不给巡抚大人面子，而且把嚣张的钱师爷送进了衙门。钱师爷满以为县令段新高会礼遇自己，没想到段新高不但不客气而且要依法处罚钱师爷。钱师爷大怒之下，在公堂上威胁段新高，段新高索性按照大明律法打了钱师爷三十大板。从此钱师爷和段新高之间就有了一定的恩怨，钱师爷想尽一切办法要对付段新高。
马公子得知段新高不给自己面子后，有点不高兴但是还是忍住了。因为他父亲曾经说过，这个段新高在地方上人缘很好，不能太明目张胆地对付段新高。马公子亲自来到地方，本来想敲打敲打这个不懂规矩的段新高的。没想到因为在驿站吃了一顿饭，引出了更加不愉快的事情。马公子虽然不是现任官员，但是他的父亲是湖北省最大的官，所以他把各地的驿站当自己家一样。不但白吃白喝而且从来不给钱，有时候还会批评驿站里面的人。这个驿站的驿丞和知县段新高一个脾气，都是一些不开窍的家伙。他对于马公子的行为不但不理解，而且要求马公子支付饭钱。问巡抚大人的儿子要饭钱，这让马公子觉得自己收到了莫大的委屈。马公子当场叫人打了驿丞，驿丞不甘心把马公子等人告上了衙门。
同样不开窍的段新高依法判案，不给马公子一行人留下一点面子。在公堂上段新高依法判处马公子支付饭钱并交纳三倍的罚金给驿丞。同时把打人的马家下人拉出来，重重地责打了一顿。马公子已经很生气了，没想到段新高还要在公堂上以长辈的口吻训斥马公子。马公子大怒之下说出了要段新高小心一点的代威胁口吻的话，被段新高按照扰乱公堂罪监禁三天。马公子在县衙监狱里面被关了三天，过了一辈子难忘的三天。出来后在钱师爷的挑唆下，马公子决定对付段新高。
钱师爷联合巡抚衙门的李某和张某，想出了对付段新高的办法。但是这需要知府衙门和军营千户所的配合。张师爷和军营千户所的一个军官认识，主动担下了联系千户所的工作。李某和知府衙门的同知齐某有联系，所以愿意做齐某的工作。千户所正在为除去段新高头疼，所以马上答应了张师爷的联合要求。齐某也早就想换了这个臭脾气的下属段新高了，所以也愿意帮忙。
几方面的人坐下来商量细节问题，没想到知府童某主动找了进来。原来知府衙门的同知齐某的师爷卢某和知府童某的师爷陆某不但是同乡而且是亲戚。卢某把消息告诉给了陆某，陆某又把这个消息告诉了自己的东家知府童某。童某得知这件事情军方和巡抚衙门已经插手，段新高一定是输定了，索性参与进来分一份好处。有了知府的支持，大家的把握就越大了。师爷钱某和李某也说他们和布政使衙门和按察使衙门的人关系不错，只要不太过分，对方衙门的人愿意配合。
就在钱师爷的计划下，一个针对段新高的阴谋渐渐开始形成。首先知府衙门的同知齐某以衙门的名义去外地调来一批几乎快要霉变的陈米。这批粮食因为已经不能食用，再加上附近没有灾荒，所以价格相当便宜。价格不到正常米价的两成，齐某还是觉得太贵，硬是还价到正常米价的一成半。然后他暗中把这批陈米运送到县衙附近，利用远亲齐某在县衙当书办的关系，拉拢比较容易拉拢的司库张某。
接下来就是千户所的人出场了，他们按照惯例来县衙提取战备粮仓的陈米。本来应该县衙的人一起押送去巡抚衙门的，可是因为前不久县衙的人打了巡抚衙门的人，所以为了避免尴尬县衙的人没有跟去。按照往年的规矩，这个回执应该巡抚衙门的人送过来的，可是根据县衙和巡抚衙门的关系，巡抚衙门送过来是不可能的。要段新高亲自去讨要回执，段新高觉得自己一定会被刁难，所以有点犹豫。军官出来做好人，说运到粮食后，他把回执拿来给段新高。段新高千恩万谢军官，军官这才押运走了粮食。没想到这个军官不但没有拿回回执给段新高，而且把这批军粮秘密卖给了粮行，并没有上交巡抚衙门。巡抚衙门的钱师爷故意没有上报，就是等将来给段新高一个沉重打击。
军官再一次来到县衙，说自己忘了把回执放在哪里了。等他找到后一定保管好，将来到了年底来的时候一并交给段新高。段新高过于相信军官的为人，所以并没有马上要回执，这才有了后面一系列的问题。就在军官故意引开段新高的时候，司库张某联合书办齐某，把县衙外的陈米和县衙仓库的新米对调后，再把仓库里面的陈米运进战备粮仓。这样一来战备粮仓里面的新米其实是已经不能食用的陈米了。一旦事情暴露的话，作为看管负责人的段新高就是一个死罪。
新米被秘密运出湖北后，高价卖给了外地的商人。这些人一来一去卖了两批粮食不说，而且把段新高彻底装了进去。按照军方的意思，是不要暴露这件事情，等几年后事情爆发了再说。可是马公子和钱师爷为首的地方派不答应，他们等不了这么久，他们要越快看见段新高死越好。这就有了后来的年底查账，发现对不上数目，实地查看粮食发现新米变成不能吃的陈米的事情。
段新高心里很清楚发生了什么事情，但是一来没有证据，第二相关人员不是失踪了就是辞职了。对方不可能给自己解释和调查的机会，更加不可能让自己活下去。为了不连累下属，为了不牵连太多的人，段新高决定自己认下所有的罪名，亲手了结自己的性命。但是段新高的死并没有让这些人清醒，他们变本加厉地对付段新高的家人和当地老百姓。这才有了现在如今的局面，一旦事情公开的话，老百姓就会发生民变，甚至于真的会造反。这也是其他明知道事情真相，却不敢轻易公开的主要原因。段新高当初也是因为这个原因，才不敢说出真相的。一旦段新高说出真相的话，老百姓就会为段新高讨公道，甚至于和官兵发生冲突，到时候段新高就是千古罪人了。为了朝廷的威望，为了局面的稳定，为了老百姓的安宁，段新高这才决定忍辱认下了罪名的。秦泰要是公开了案情真相的话，段新高的牺牲白费了。
秦泰考虑再三决定把这个难题交给朝廷来解决。反正秦泰没有处理这件案子的权利，反正秦泰不想出名。就把这个难题交给高拱和张居正去头疼吧。秦泰把案件的供词和线索分为三份，其中秘密抓捕的司库张某和书办齐某，还有巡抚衙门李某的供词，加上军官秋经武的，全部一式三份。一份秘密送给冯保，一份秘密送给张居正，一份走正常途径给内阁。冯保的信由锦衣卫飞鸽传书送达，最慢三天后可以收到。给张居正的是用锦衣卫的快马急送，估计五天后可以收到。这时候送往内阁的那一份刚刚出湖北，送到京城需要最少十天。这段时间张居正和冯保可以商量对策，是公开审理还是秘密处理，或者是直接销毁所有的证据就当这件事情没有发生过。秦泰的本意是公开审理，还段新高一个公道，还老百姓一个清楚明白。但是这是不大可能的事情，因为朝廷需要脸面，也需要太平。一旦这件事情公开的话，各地衙门就会乱，军营也会乱。就算不牵连到其他地方，这一次也要拿下一大批的文武官员，这么做会影响湖北的局面的。秦泰最不愿意看到最后一种办法。要是张居正和冯保决定不了了之的话，他们就会想办法不让最后一份资料到内阁。这样的话就代表张居正不想处理这件事情，段新高就没有了翻案的机会。秦泰最希望朝廷重视这件事情，派出一个大臣找一个理由去湖北。秘密地处理这件事情，把一些罪大恶极的人找理由处理了。一些涉案不深的官员警告一下，最后在小范围内为段新高恢复名誉。