征日大军对于日本本州岛实行了全面压制。而此时，日本所谓的顺民、良民都被集中在九州岛上，四国变成了不毛之地。
大明军队登上九州岛，大内氏的周防国首当其冲，受到了灭顶之灾，不得不往京都方向逃窜，之前从来不愿意去的京都，大内盛见也扭扭捏捏的向足利义满表示效忠。
周防、长门二国落在了大明的手里，并且稳扎稳打的继续向前行进着。每每看到身材矮小又自不量力的日本人拿着柄武士刀冲上来，征日大军都会爆发出轻蔑的眼神。
日本人好像不会集团冲锋一样，往往几十个人，最多几百个人就哇哇叫的冲了占来。有的时候，为首的将领还会先跳出来，要求单挑。不过总是先被火炮打倒一批后，能冲到阵前的就所剩无几了。很多事后，大明将士的刀还没有出鞘，战斗已经结束。
这些状况无疑是一个不可思议的现象，大明军队就像是一个烧红的烙铁一样，这么几个日本人冲上来，还不像几滴水落上去，瞬间就干了了，要自杀也用不着这样吧。不过关于日本刀的做工还是让将士们十分眼谗的，于是在战场上出现了这样的一种现象，一旦战事结束，往往兵卒们在军官的带领下一拥而上，在哪里争抢日本武士刀，以此好回到家乡炫耀。久而久之，军官们也懒的管这些事情，反正战事顺利，就满足一下大家的心愿。
但是这种情况发生的越来越少。在征日大军的凌厉攻势下，使日本的诸侯渐渐的向一起靠拢，在一起产生了同仇敌忾的意思，各路诸侯国的首领皆向京都方向靠拢。所以说越往后打，越难见到一次又规模的战斗。
同时各诸侯国组织起自己的家兵，联合在一起交与幕府一起带领，共同抗击入侵元兵，这个，时候，为了赶快结束战斗，大明又从京师调来了一万五千人的屯田军，在九州岛上开始屯田，因为春天的到来，日本本土也要恢复一定的生产，不能老从中原运输，西北越来越紧张的局势也需要大批的粮草。九州岛归属屯田军管辖，对于本州的压力有重了一些，于是开始磨刀霍霍的，准备给给日本人一个教。
足利义满最近一段一时间也筹备了大约五万人的军队，但是这支军队的装束和武器却是五花八门，聚集在一起，从远处看来斑斑澜澜的像是块破布一般，参差不齐的。因为他是由各诸侯国的家兵组成，日本断绝了和朝鲜、大明的贸易，甚至连正规的军装都统一不起来。
足利义满不敢以天皇的名誉，而是以日本国王的名誉几乎每个月都会派遣使节要求通过大明水师封锁，秉承皇上的旨意，施琅给予了拒绝，不由不使日本人感到绝望。
允文之所以这样做，是不想让大明官员受到日本人那可怜兮兮的哀求，那些人就会装可怜，既然做了，就要做彻底，他不想让国内的注意力受到太大的干涉，现在有朱棣在北陈兵，大臣们对于日本战事松懈别良多，正是一个最好的灭日机会。
日本人陷入了绝望，足利义满此时内外忧患之下，终于坚持不住的病倒了，由足利义持主掌军政。看到明军后，也尝试着组织自己的敢死队。
他们没有大明的火器制造水平，只是抽选定了若干的武士。在身上背负火药，雌伏于草丛或者树林之间，遇见大队的明军走到身边便点燃火药直扑过去，以求最大的杀伤范围。
足利义持将这支武士组成的敢死队称为“神风特攻队”希望这种威力奇大的火药能像上次的神风一样护估着他们。
这种袭击也给大明军队带不来什么大的伤害。因为只是小打小闹的，最多会让征日大军出入更加小心一点，对于这些伤亡几乎可以忽略不计，施琅本来就没有放在心上。任你背着火药包跑来跑去，开始还吃点小亏，但是到了后来干脆就见了草丛或者不正常的日本人就是一阵炮火。越来越让其靠不近身来，神风特攻队能起到的效果自然也越来越差。
日本仍然在坚持，此时已经有很多大臣已经开始向足利义持施加压力，要求再次和明军展开和谈，甚至就是把九州、四国等已经沦陷的岛吗割让给大明也可以。
二十多岁的足利义持的威望当然不及其父，这般大臣看着足利义满的病重，竟然要求幕府还政小松天皇或者龟山天皇。
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时日本也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象”人们称这种现象为“下克上”
而龟山天皇，此时也在京师，当初日本南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己耸初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，不断地进行着努力。
足利义满在时他们还在暗中进行。但是现在足利义满病重，足利义持年轻，而日本又遭到即将被灭国的危险，南朝的皇室后裔和臣子们也在不断的准备着将幕府推翻的打算。只是时间没有到而已。
有大明水师的协助，征日陆军推进的很快，日本瞬间陷入了崩溃的边缘，大军一直往北攻去，不出一月，就行军至距离京都百余里的地点。由于后方战线拉的过长，而逃到各处的日本武士又颇为难缠。经常出其不意的从树林或者是山坳中跳出偷袭，杀了人立即有遁入山中林中。
为此不得不驻扎下来，清扫残余的日本武士，才能使日本北方获得片刻的喘息之机，但是京都已经是一片慌乱，天皇和幕府终究不敢再留在京都，已经商议前往奈良，坐船赶往位于神奈川县镰仓暂时避祸。一时间，京都内人心惶惶，很多武士为幕府的这一举止感到耻辱。
足利义满怎么也想不到，他一直和大明保持善意，就不同意同大明为敌，还不惜以囚犯充当倭寇送到大明表示诚意，大明的皇帝从那里来的恨意呢。现在只能逃到镰仓足利满兼的地盘上寻求庇估，这个时候，足利义持才感觉到事情的不妙，一面号召各路诸侯勤王保护天皇，一面开始遣使往朝鲜，希望能寻求援兵。
日本天皇和足利幕府决定往镰仓方向暂避的决定，的确做的时机不是很好，严重打击了日本的军队的士气，可是这个决定做的也是十分艰难。第一，各守护国现在依然为着自己打算，虽然派出了部分兵力，但是绝对精锐还是留在了自己的地盘。
还有一条，今川了俊在足利义满病危的情况下，坚决的从镰仓赶来，要求天皇往镰仓暂避，有没有私心先不说，其中有一条，就是想用距离拉长明军的战线，意图各个击破。这一条得到了大家的一致认同，所以也顾不得名誉问题了。
他们认为，日本人民还是会拥护天皇的存在，只有最大限度的拉长战线，才能寻找机会，那时候民众都会被调动起来。届时在给明军致命一击，只要失败一次，大明征战在外的势头就会减弱，再来侵略日本就很难了。
他们是这样想的，就这样做。结果，耿炳文不费吹灰之力进入了京都，控制了附近地区后，施琅等请示下一步的行动。