因为没有应付外敌的经验，导致了日本现在处于表面和平，而暗中两派天皇的分裂之中，只有更加的慌乱，才能让他们没有时间思考，处于更分裂的状态。
圣上这么说了，施琅深以为然，锦衣卫情报处强大的情报收集能力使施琅等人完全掌握了日本此时的动态。他们才不管什么仁义道德，趁敌病要敌命的事情，他们也不是第一次去做了。
九州经过一年有余的经营，已经算是稳定，而四国岛现在空无人烟，不需要防御，所以将九州岛交给屯田兵守御后，施琅等人尽起大军，往本州岛开拔，为了不给屯田兵压力，也为了后方的稳固，由顺民、良民组成的炮灰军队大约近二万人也随之出发。
连同大明水师在内，共计十三万大军分三路逼向镰仓方向，施琅率领东路军经由远江、骏河和伊豆三个日本小诸侯国日本静网县、山梨县直往前插入甲斐，然后在张云天的配合之下清剿身边的日本人。之后再往前进发武藏境内。
耿炳文率三万余人由大明水师护送，从伊势湾进发，贴近海岸往北航“行，在伊豆的富士山方向大军上岸，先和施琅大军合兵为一处以后，前后夹击甲斐之敌，不使被日本人逃脱去镰仓方向报讯，然后往镰仓方向
由应天府军镇司新近来日本的将军启元，乃是兵部尚书齐泰的亲戚，率领中军在施琅的身后。但是等到山本太郎的大军往镰仓方向进发的时候，他则一直往前至信浓诸侯国，在上野、下野的地方折转往东，包抄日本人的后路。
张云天所率的三万大军，在静网富士山登陆后直接西进破静网城。
施琅所率领的东路大军计五万余人一路北上，网崎、滨松相继落入手中。然后和张云天合兵一处，然后等到启元率四万大军拿下松本、府中之后。三路大军已经对镰仓地区形成了合围之势，大军所过之处，为了保证大军的行踪不被泄露，几乎杀的是寸草不生，人烟皆灭。
所遇到的百姓。如果不在第一时间选择做顺民或者良民，那么等待他们的就只有一个结局，由大明水师运往四国岛流放。没有粮食和生产工具的流放，下场只有一个，那就是死。
其实攻击这么快捷和凶猛，是大明将士们没有想到的，中间足利幕府的命令也算是帮了一个忙，本州岛大部分是足利家族的天下，为了保证天皇的安全，足利义持下令据城死守，拖延大明军队的步伐。
而沿途各城也坚决的执行了一项最愚蠢的命令，偏偏城池是简陋低洼，防御措施更是不堪一击，更是没有防御炮火的措施。往往只是攻击方的两轮火炮，就可以造成一半的日本士卒的丧亡。
战争的胜利倾向于大明军队，要不是顾忌朝中守旧派大臣的弹劾，恐怕征战的步伐会更快一点。此次征日，所派遣的大部分是江南和山东沿海地区的士卒，而没有调遣内地大军，经过许多年偻寇的滋扰，对于日本有着一种先天的恨意，这种恨意一旦转化到战争里面，不可避免的就会形成所向披靡的战斗力。
见到如此形势，足利义持大恐，四处派出斥候查询出路，才发现自己已经被团团包围，只有海上一途可以逃出。明军明显的是不给日本留下半寸容身之地。
但是又不知道海外还有没有大明水师的战船，但是已经没有思索的余地，为了天皇的安全，已经将其转移到了身后的江户境内的海边之上，在那里有着新建设的天皇行宫。
其实在江户、镰仓附近守军约还有近八万人。足利义持想到应该还有一拼之力。不过张云天所部率领大军于川崎向北插进，先取川崎，再北上迂回江户的下町平民区将其围住。施琅所率的军队沿武藏境内直趋山之手区域。启元所领的近四万人攻克岩村之后，进据金城，其手下攻克佐仓城，陈兵于海边，江户此时还不是重镇，所以防御措施本来就很少，经不起大明将士的冲杀。
三面大军已经成合围之势，但是施琅性格稳健，步步为营，对镰仓、江户地区形成包围之势后，就暂时停顿，蓄势待发。
七天后，江户外围要地尽失，于是环城防卫战开始。三日后清晨攻陷城西南之山之手。耸日下午，一直强势的足利义持终于按捺不住。召集诸侯大名宣布撤退。
足利义持声泪俱下的恳请诸国守护全力护估天皇的安全，集中所有的船只，不顾一切卫护天皇船队先出内海，往虾夷等待勤王之师。
天皇带走所有船只，剩下的日本军队则作为佯兵，只能由武藏境内北上从下野杀出，迅速进入山中；而足利义持为了表示对天皇的忠诚，愿意率领亲信和家族武士。沿佐仓方向往东潜入江户崎，然后再到矢作，然后再到海边，从哪里整顿后，在渡海往虾夷会合天皇。
事情本来到了这里，日本的败亡已经无可挽回，可就是在正统的事情上，两派又发生了争执，今川了俊和大内盛见坚决要求向大明投诚，因为虾夷此时还是荒无人烟的岛屿，那里有些居民，但也有蛮人。而且虾夷一年四季都是天寒地冻，冷多暖少。甚至都没有种植过庄稼，发展空间太少，农业经济反而跟不上，在那里，经过大明水师的围困，还是会全军覆没。
最后，天皇同意了今川了俊的建议，向大明投降。建文四年九月二日，日本签署对大明帝国的投降书，愿世为明臣。允文也在当地建设了大明行宫，并派官员前去，也派遣了明军驻扎日本。自此，日本的九州岛、四国岛、北海道、本州岛等一系列岛屿纳入明朝版图。琉球也没有变成日本冲绳县。而下一步，大明的海军开向琉球。